Alors que Willard voyage en amont vers l'enceinte de Kurtz, il rencontre une série de personnages et d'événements surréalistes et inquiétants, notamment un assaut en hélicoptère sur un village tenu par les Viet Cong, une émission USO mettant en vedette des lapins Playboy et un colonel fou de l'armée américaine (Robert Duvall) qui ordonne une frappe aérienne sur une plage. Alors que Willard se rapproche de sa cible, il commence à remettre en question la moralité de sa mission et la véritable nature de la folie de Kurtz. Lorsqu'il arrive enfin dans l'enceinte de Kurtz, Willard est confronté à toute l'horreur de la guerre et aux effets dévastateurs qu'elle a eu à la fois sur le peuple vietnamien et sur les soldats américains qui y combattent.